No trabalho de implementação de UCs nos municípios que compõem a Calha Norte atuam, na realização de estudos e pesquisas nas áreas protegidas, a Conservação Internacional Brasil (CI Brasil), o Instituto do Homem e Meio Ambiente da Amazônia (Imazon) e o Instituto de Manejo e Certificado Agrícola (Imaflora).
A Organização Não Governamental WWF Brasil realiza estudos para o Sistema Estadual de Unidades de Conservação (Seuc) e faz o monitoramento das UCs, dentro do Programa de Áreas Protegidas da Amazônia (Arpa), do Ministério do Meio Ambiente (MMA).
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